All produktion och konsumtion av energi leder till störningar för vår miljö. För vindkraftens del handlar det dock om mycket begränsade störningar som bara uppkommer lokalt. De vanligaste formerna av störning är följande:
Ljudet från vindkraftverken, eller bullret som vissa säger, uppkommer när vingarna snurrar och producerar energi. Då får man ett brus från vingarna som kan höras på ganska långt håll (upp till någon kilometer). Den elektriska generatorn kan också ge ett ljud som är mer mekaniskt, men det hörs oftast inte lika långt. För att störningarna inte skall skapa ohälsa hos människor har myndigheterna efter många års erfarenhet av buller bestämt att om vindkraftverken låter mindre än 40 dBA (decibel) vid närmaste bostad, så är risken för att människor skall bli störda så liten att detta kan accepteras när man betänker alla fördelar som vindkraften har.
När solen skiner på vindkraftverkets snurrande vingar kan slagskuggor uppkomma bakom verket som kan störa människor. Detta problem är störst under tidig vår och sen höst när solen står lågt på himlen. För att störningarna inte skall skapa ohälsa har myndigheterna bestämt att om vindkraftverken skuggar mindre än åtta timmar om året vid närmaste bostad, så är risken för att människor skall bli störda så liten att detta kan accepteras.
Vindkraftverken kan synas mycket långt i landskapet. I känsliga områden där man har långa siktytor och många värdefulla landskapselement (tex kyrkor,skärgårdar mm) har man därför speciella restriktioner på var man kan placera vindkraftverk. I normal skog försvinner verken trots att de är så höga och störningen är så liten att den nästan saknar betydelse.
När man bygger vindkraftverken kan enstaka känsliga växter ta skada. Därför tar man alltid reda på vilka växtarter som finns på platsen där man planerar att bygga och tar hänsyn till detta vid detaljplaneringen. Även vattenföringen i marken kan bli påverkad och därför gör man, om det behövs, särskilda geologiska undersökningar när man planerar vindkraftparken. Bland djuren är det framförallt vissa fåglar (stora rovfåglar) och fladdermöss som kan kollidera med eller bli störda av de snurrande vingarna. Om man upptäcker hotade fågelarter eller stora mängder med fladdermöss i ett område undviker man att bygga vindkraftverken i detta område.
I vissa fall kan man stöta på lämningar från forntida bosättningar där man vill bygga vindkraftverk. Om detta händer måste man flytta vindkraftverken eller dokumentera (gräva ut) fynden i samverkan med länsstyrelsen och i vissa fall med Riksantikvarien.